Thuật ngữ omega-3 cho thấy liên kết đôi đầu tiên tồn tại dưới dạng liên kết carbon-carbon thứ ba tính từ đầu methyl của chuỗi carbon. Cấu trúc hóa học của axit alpha-linolenic (18:3?9C, 12C, 15C, ALA) được thể hiện trong Hình 1, là một axit béo n-3 thiết yếu (18:3?9C, 12C, 15C biểu thị chuỗi 18 carbon với 3 liên kết đôi ở carbon thứ 19, 12 và 15). Có một cuộc tranh cãi giữa các nhà hóa học và sinh lý học về cách đặt tên cho các axit béo vì các nhà hóa học đếm chúng từ đầu co-end của chuỗi carbon. Trong trường hợp liên kết đôi đầu tiên, tính từ đầu n hoặc co-end, xuất hiện ở liên kết carbon-carbon thứ ba, tên là “n-3”. Nếu liên kết đôi đầu tiên nằm ở liên kết carbon thứ sáu, tên là “axit béo n-6”.
Điều này được giải thích bởi thực tế là đầu n (đầu co hoặc đầu methyl) hầu như không bao giờ thay đổi trong quá trình chuyển đổi sinh lý trong cơ thể con người, vì nó ổn định hơn về mặt năng lượng và các hợp chất carbohydrate khác có thể được tổng hợp từ đầu carbonyl khác, ví dụ như trong glyceride. Các axit béo n-3 quan trọng trong dinh dưỡng của con người là: axit ct-Iinolenic (18: 3, n-3: ALA), axit eicosapentaenoic (20: 5, n-3; EPA) và axit docosahexaenoic (22: 6, n-3; DHA). Ba chất béo không bão hòa đa này có 3, 5 hoặc 6 liên kết đôi trong chuỗi carbon gồm 18, 20 hoặc 22 nguyên tử carbon tương ứng. Hầu hết các axit béo sản phẩm tự nhiên đều ở cấu hình cis (trong đó, cis đề cập đến hai nguyên tử hydro ở phía đối diện của liên kết đôi) dẫn đến chuỗi ổn định hơn nhiều, rất khó bị phá vỡ hoặc chuyển đổi thêm, tạo thành các chuỗi dài hơn tập hợp trong mô và thiếu các đặc tính ưa nước cần thiết. Tuy nhiên, hợp chất n-3 vẫn dễ vỡ hơn n-6 vì liên kết đôi cuối cùng dễ bị lộ ra hơn về mặt hình học, đặc biệt là ở cấu hình cis tự nhiên.
