Thuật ngữ omega-3 cho thấy liên kết đôi đầu tiên nằm ở vị trí liên kết carbon-carbon thứ ba tính từ đầu nhóm methyl cuối cùng của chuỗi carbon. Cấu trúc hóa học của axit alpha-linolenic (18:3ω9C, 12C, 15C, ALA) được thể hiện trong Hình 1, là một axit béo n-3 thiết yếu (18:3ω9C, 12C, 15C cho thấy chuỗi 18 carbon với 3 liên kết đôi ở vị trí carbon thứ 9, 12 và 15). Có sự tranh cãi giữa các nhà hóa học và nhà sinh lý học về cách đặt tên các axit béo, vì các nhà hóa học thường đếm từ đầu nhóm methyl của chuỗi carbon. Trong trường hợp liên kết đôi đầu tiên, tính từ đầu n hoặc đầu methyl, xuất hiện ở liên kết carbon-carbon thứ ba, tên gọi là “n-3”. Nếu liên kết đôi đầu tiên nằm ở liên kết carbon thứ sáu, tên gọi là “axit béo n-6”.
Điều này được giải thích bởi thực tế là đầu n (đầu methyl) hầu như không bao giờ thay đổi trong quá trình chuyển hóa sinh lý trong cơ thể người, vì nó ổn định hơn về mặt năng lượng, và các hợp chất carbohydrate khác có thể được tổng hợp từ đầu carbonyl còn lại, ví dụ như trong glyceride. Các axit béo n-3 quan trọng trong dinh dưỡng con người là: axit α-linolenic (18:3, n-3; ALA), axit eicosapentaenoic (20:5, n-3; EPA) và axit docosahexaenoic (22:6, n-3; DHA). Ba axit béo không bão hòa đa này có 3, 5 hoặc 6 liên kết đôi trong chuỗi carbon gồm 18, 20 hoặc 22 nguyên tử carbon tương ứng. Hầu hết các axit béo tự nhiên đều ở cấu hình cis (trong đó, cis đề cập đến hai nguyên tử hydro nằm ở phía đối diện của liên kết đôi), dẫn đến chuỗi ổn định hơn nhiều, rất khó bị phá vỡ hoặc biến đổi thêm, tạo thành các chuỗi dài hơn tích tụ trong các mô và thiếu các đặc tính ưa nước cần thiết. Tuy nhiên, các hợp chất n-3 vẫn dễ bị phân hủy hơn so với n-6 vì liên kết đôi cuối cùng dễ bị tấn công hơn về mặt hình học, đặc biệt là trong cấu hình cis tự nhiên.
